رئیسی در سخنرانی خود در اردبیل گفته بود: "اردبیل مفاخر بسیاری دارد، ما در زمان خود نه محقق اردبیلی را درک کردیم و نه مقدس اردبیلی را". بعد از این اظهارات برخی با این بیان که آقای محقق اردبیلی و مقدس اردبیلی یکی هستند گفتند که آقای رئیسجمهور دچار یک اشتباه تاریخی شده است و آقای محقق اردبیلی به مقدس اردبیلی مشهور است و این ۲ یکی هستند.
دراینباره آیتالله سید حسن عاملی نماینده، ولی فقیه و امام جمعه اردبیل درباره حاشیههای ایجادشده بعد از سخنرانی آقای رئیسی در اردبیل، گفت: آقای رئیسجمهور در سخنان خود از ۲ نفر از مفاخر شیعه اردبیلی یاد کردند که هر دوی آنها از بزرگان هستند.
وی گفت: آیتالله محقق اردبیلی که دانشگاه اردبیل نیز به نام ایشان است از مفاخر شیعه هستند که بزرگان میگفتند که اگر به این بزرگوار صرفاً مقدس بگوییم ممکن است علمیت ایشان تحتالشعاع قرار بگیرد.
امام جمعه اردبیل تصریح کرد: نفر دومی که آقای رئیسجمهور منظورشان بود، آقای محمد بن علی اردبیلی مشهور به محقق اردبیلی صاحب کتاب مشهور "جامع الرواة" بودند که ایشان نیز واقعاً از مفاخر هستند، بنابراین آقای رئیسی از دو عالم بزرگوار متفاوت نام بردند.